ambaLinux下Sambamba的安装与使用（linuxsamb）

linux 操作系统下，sambamba 是一款灵活快速，高效且易用的 SAM/BAM 文件过滤以及排序软件工具，它利用专业级的内存管理和可高度自定义的算法来在较短时间内处理较大型数据集。本文将介绍在Ubuntu Linux 下Samabamba 的安装以及使用。

### 一、安装 Sambamba

##### 1.1 安装依赖包

在Ubuntu来安装sambamba前，首先需要安装一些必要的依赖包，可以在终端（Terminal）中输入以下Linux 命令：

“`bash

$ sudo apt-get install build-essential zlib1g zlib1g-dev libncurses5-dev liblzma-dev libboost-all-dev cmake

##### 1.2 下载、编译和安装 Sambamba

接着我将从官网下载安装包，以 0.7.0 版本的 Sambamba 为例：

```bash
$ wget https://github.com/biod/sambamba/releases/download/v0.7.0/sambamba_v0.7.0_linux.tar.bz2

下载完解压包以后，可以使用 `cmake` 来进行编译：

“`bash

$ cmake .

$ make

$ make install

接着就说明 Sambamba 安装完毕。

### 二、使用 Sambamba 

##### 2.1 文件过滤

安装完毕后，便可以使用sambamba 来完成 SAM/BAM 文件过滤了，只需要输入以下 Linux 命令：

```bash
$ sambamba view -h

示例用法：

“`bash

$ sambamba view -F ‘tlen > 20 & tlen filtered.bam

这里我们可以指定各种过滤的条件，比如含有特定的序列或者按照读长进行筛选等等，更多的选项可以在用例示例中查看。

##### 2.2 文件排序

Sambamba 还可以用来完成 SAM/BAM 文件排序，使用Linux 命令：

```bash
$ sambamba sort

例如：

“`bash

$ sambamba sort -m 8G sample.bam -o sample_sort.bam

可以用指定的内存进行排序，更多的操作可以参照文档中的用例查看。

### 结语

总之，Sambamba 是一款功能强大的 SAM/BAM 文件过滤以及排序软件工具，拥有快速，高效且易用的特性，能够有效的处理包括大型数据集在内的样本文件，在Annaband里面的应用也非常广泛，值得使用。

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